Shahardagi birinchi botanika bog'i 1922 yilda Turkiston general-gubernatorligi bog'i hududida 8 gektar maydonga ega.
Zamonaviy hududda 80 gektar maydonga ega botanika bog'i 1950 yilda tashkil etilgan. Rasmiy nomi — Akademik F.N.Rusanov nomidagi botanika bogʻi.
“O‘zbekiston pochtasi” AJ tayyorladi, O‘zbekiston Respublikasi Axborot texnologiyalari va kommunikatsiyalarini rivojlantirish vazirligi tomonidan 2021-yil 29-iyundan “O‘zbekiston florasi” turkumidagi “Toshkent botanika bog‘i” pochta markalari muomalaga kiritildi.
Seriya kichik varaq ko'rinishidagi 4 ta pochta markasidan iborat. Pochta markalarida Toshkent botanika bog‘ida o‘stirilgan o‘simliklar tasvirlangan. O'simliklar nomlari lotin tilida berilgan.
1993-2004 yillarda Toshkent botanika bog‘i alohida muhofaza etiladigan tabiiy hudud maqomiga ega bo‘ldi. 1998 yilda Botanika instituti va Botanika bog‘i yagona ilmiy muassasaga birlashtirildi.
Oʻzbekistonga oʻsimliklarni introduksiya qilish, mahalliy oʻsimliklarni koʻchirish boʻyicha olib borilgan ilmiy izlanishlar Toshkent botanika bogʻi bilan bogʻliq. Iqtisodiy foydali turlar aniqlandi, o'simlik dunyosining yangi vakillarini madaniyatga kiritish rivojlantirilmoqda. Kamyob va yoʻqolib ketish xavfi ostida turgan, oʻsishi qiyin boʻlgan turlarga, shuningdek, dorivor va gulli manzarali oʻsimliklarga eʼtibor qaratilmoqda.
Bog 'kollektsiyasi o'simliklarning 6000 turi, shakllari va navlari bilan baholanadi.